지방자치단체가 개발 사업 등을 승인하면서 민간 기업에 부과해야 할 부담금을 제대로 거두지 못해 3000억원대의 세수를 놓치고 있는 것으로 드러났다.

감사원은 지난 2∼3월 기획재정부를 포함한 5개 중앙행정기관과 서울시 등 10개 지방자치단체를 대상으로 부담금 부과·징수 실태를 감사한 결과를 16일 공개했다.

부담금이란 토지 개발, 대형 건축물 건립 등이 포함된 공익사업과 관련해 정부나 지자체가 민간에 부과하는 세금 성격의 돈으로, 정부 입장에서는 공익사업 관련 세수를 안정적으로 확보하는 수단이지만 기업의 투자에는 방해가 되기도 한다.

이번 감사 결과 농림축산식품부는 지난 2011년 모 기업이 평택시에서 추진한 물류단지 건립계획이 승인됐다는 사실을 경기도로부터 통보받고도 3년이 지나도록 74억원의 농지보전부담금을 부과하지 않은 사실이 적발됐다.

또 이런 사례를 포함해 농식품부와 인천시 등 13개 기관에서 2009∼2013년에 승인한 23개 사업에 대해 총 2251억원을 미부과한 것으로 드러났다.

감사원은 비교적 금액이 작은 미부과 사례까지 합하면 현재 정부기관과 지자체가 못 거둔 채 남아있는 부담금 규모가 3040억원에 이른다고 밝혔다.

감사원은 이와 관련해 "특히 농지보전부담금은 부과기한이 설정돼 있지 않아 소멸시효 지나면 부담금 납부 의무가 일괄 상실될 가능성도 있다"고 지적했다.

지자체의 업무 부주의로 민간에 억울하게 부과된 부담금도 총 24억원에 이르는 것으로 드러났다.

이 중 경기도 이천시는 관련 조례를 잘못 해석해 2005년부터 지난해까지 8년간 2323명의 기업인에게 10억원의 교통부담금을 부당하게 부과한 사실이 적발됐다.

관련 법류는 교통부담금 부과 대상 지역이라도 읍·면은 제외하도록 하고 있지만 이천시는 장천동 등 4개 동과 장호원읍 등 10개 읍·면 지역의 대형 마트 업주 등에 교통부담금을 부과·징수해왔다고 감사원은 밝혔다.

감사원은 이번 감사 결과 미부과·부당 부과 외에 부담금을 잘못 감면·환급해준 금액도 152억원에 이르는 등 총 3216억원 상당의 부담금이 제대로 운용되지 않았다고 밝혔다.

감사원은 적발된 건들에 대해 해당 부처와 지자체장에게 주의를 요구하거나 대책 마련 등을 통보했다.